Os índios carijós, do Grupo Tupi-Guarani, habitavam a região desde tempos remotos, mas antes dos carijós, havia o homem pré-histórico, de quem se tem notícias através de estudos dos poucos vestígios deixados nos sambaquis do litoral. A colonização de Matinhos começa em meados do século XIX, quando os índios carijós habitavam o litoral paranaense, descoberto em 1820 pelo francês Augusto de Saint Hilaire. Sua primeira denominação foi Matinho, nome originado de um rio existente no município, que leva esse nome devido à mata de restinga, rica em epífitas. Seus colonizadores iniciais foram portugueses e italianos, que fundaram colônias agrícolas. A miscigenação das culturas indígenas e européias deu origem ao caboclo, de vida extremamente simples, que refletia no estilo de suas casas, aspectos da cozinha, pesca e atividades de subsistência como o engenho da mandioca.

Em 1927, foi inaugurada a Estrada do Mar, ligando Paranaguá a Praia de Leste, que trouxe diversas famílias, em sua maioria alemã, fixada em Matinhos, entre elas a de Augusto Blitzkow, responsável por um plano de urbanização para Caiobá. (do guarani cairoga - casa de macacos). Em 27 de janeiro de 1951, de acordo com a Lei nº 613, Matinhos foi elevado à categoria de Distrito pertencente a Paranaguá, e à categoria de Município emancipado, a 12 de junho de 1967, pela Lei Estadual nº 05, sancionada pelo Governador Paulo Pimentel, se desmembrando de Paranaguá. A instalação do novo Município se deu solenemente no dia 19 de dezembro, ocasião em que ocorreu a posse das primeiras autoridades municipais eleitas. Matinhos sofreu muita influência sócio-cultural dos povoadores de Paranaguá e Guaratuba, por se tratar de ponto intermediário entre os dois Municípios. Com o tempo, foi se firmando como povoado, tendo vida própria e participando da vida política regional.